对于乳酸菌饮料的生产设备，主要的CIP清洗程序包括：冷管路及其设备清洗程序、热管路及其设备清洗程序、巴氏杀菌系统清洗程序、UHT清洗程序。

冷管路及其设备清洗程序  乳酸菌饮料生产中的冷管路主要包括收奶管线、原料乳储存罐等设备牛乳在这类设备和连接管路中由于没有受到热处理所以相对结垢较少。一般清洗操作程序及参数为：水冲洗3～5min→75～80℃热碱性洗涤剂循环10～15min（1～1.5%氢氧化钠溶液）→水冲洗3～5min→65～70℃的酸液循环一次（1～1.2%的硝酸溶液）→90～95℃热水消毒5min，直至pH6.8～7.2→冷却。

热管路及其设备清洗程序  乳酸菌饮料生产中,由于各段热管路生产工艺目的的不同,所以要根椐结垢情况,选择有效的清洗程序。受热设备主要是指混料罐、发酵罐以及受热管道等。一般清洗操作程序及参数为：水冲洗5～8min→75～80℃热碱性洗涤剂循环15～20min（2～2.5%氢氧化钠溶液）→水冲洗5～8min→65～70℃酸性洗涤剂循环15～20min(1.5～1.8%硝酸溶液) →水冲洗5～8min直至pH6.8～7.2。生产前一般用90℃热水消毒15～20min，以便对管路进行杀菌。

巴氏杀菌系统清洗程序  一般清洗操作程序及参数为：水冲洗5～8min→75～80℃热碱性洗涤剂循环15～20min（2～2.5%氢氧化钠溶液）→水冲洗5～8min→65～70℃酸性洗涤剂循环15～20min(1.5～1.8%硝酸溶液) →水冲洗5～8min直至pH6.8～7.2。

UHT清洗程序  对于乳酸菌饮料所采用的UHT系统主要是板式UHT系统，一般清洗操作程序及参数为：水冲洗15min→用生产温度下热碱性洗涤剂循环15min（2～2.5%氢氧化钠溶液）→用清水冲至pH6.8～7.2→用80℃的酸性洗涤剂循环10～15min(1.5～1.8%硝酸溶液) →用清水冲至pH6.8～7.2→80℃热碱性洗涤剂循环15～20min（2～2.5%氢氧化钠溶液）→用清水冲至pH6.8～7.2。